König Ludwig der Deutsche hat im 9. Jahrhundert eine der Muttergottes geweihte Pfalzkapelle mit einer reichen und prächtigen Ausstattung gebaut, in der die Liturgie für den Königshof gefeiert wurde und für das Herrscherhaus gebetet werden sollte.

Nach seinem Tod verlegte einer seiner Nachfolger die Pfalz nach Sankt Emmeram. Das Bauwerk verfiel.

Erst der bayerische Herzog Heinrich IV., der spätere Kaiser Heinrich II., stellte 125 Jahre später die Kirche wieder her. Er verlegte die Königspfalz an den Kornmarkt zurück und nutzte die Alte Kapelle, die er größer als vorher aufbauen ließ, erneut als königliche Pfalzkapelle.

1009 schenkte er seine Kirche dem von ihm zwei Jahre zuvor neugegründeten Bistum Bamberg. Die auf diese Weise geschaffene Regensburger Exklave des Bistums Bamberg hielt sich bis zum Jahr 1803. Durch die Schenkung an Bamberg verlor sie an politischem Gewicht, auch wenn sie bis in die Stauferzeit bei Königsaufenthalten in Regensburg als Pfalzkapelle diente.