Das neue Instrument mit zwei Manualen und 40 Registern, welches zu Ehren des Papstes Papst-Benedikt-Orgel heißt, wurde im Laufe des Jahres 2006 in der Basilika U. L. Frau zur Alten Kapelle eingebaut, intoniert und am 13. September 2006 durch Papst Benedikt XVI. im Rahmen seines Deutschland- bzw. Regensburg-Besuches geweiht.

Das neue Instrument baute Hermann Mathis nach dem Vorbild des bedeutenden Orgelwerks, das 1791 von dem Nabburger Orgelbaumeister Andreas Weiß für die Alte Kapelle errichtet wurde.

Die Finanzierung erfolgte durch die Peter-Kaiser-Gedächtnisstiftung (Liechtenstein). Die Orientierung an der damaligen Disposition, erweitert um einige wichtige Register, vereint die typischen Merkmale des bayerischen Barock und berücksichtigt gleichzeitig die Erfordernisse der heutigen Liturgie.

Diese Kirchenorgel dürfte derzeit die einzige vom Papst persönlich geweihte Orgel sein, die nun der Liturgie und regelmäßigen Kirchenmusik auf hohem Niveau (Solisten, Chor, Orchester, Orgel) dient. In der Alten Kapelle werden u. a. Werke des Liechtensteiner Komponisten Josef Gabriel Rheinberger (1839–1901) intensiv gepflegt.