Mit der Berufung des Kirchenmusikreformers Dr. Carl Proske zum Kanoniker in der Alten Kapelle begann im Jahr 1830 eine mittlerweile 200 Jahre dauernde Pflege der sogenannten kirchenmusikalischen „Regensburger Tradition“. Dies beinhaltete neben dem Wechsel von Vokalpolyphonie und Gregorianik auch eine qualitativ hochwertige Literaturauswahl. Besonders hervorzuheben sind in diesem Zusammenhang die auch heute noch gepflegte liturgische A-capella-Literatur des 16. bis 19. Jahrhunderts (z.B. Felice Anerio, Hans Leo Hassler, Orlando di Lasso) sowie die regelmäßige Aufführung der Werke von Josef Gabriel Rheinberger.

Die von Proske zusammen mit dem 1841 zum Chorregenten an der Alten Kapelle ernannten Johann Georg Mettenleiter etablierten kirchenmusikalischen Strukturen sind bis in die Gegenwart unverändert erhalten geblieben. So werden auch heute noch alle Sonn- und Feiertagsgottesdienste von den Choralisten der Alten Kapelle sowie einmal im Monat von der Choralschola ehemaliger Regensburger Domspatzen musikalisch gestaltet. Unterstützt werden die Sängerinnen und Sänger dabei an Festtagen vom Kammerorchester der Basilika. Darüber hinaus verfügt die Alte Kapelle derzeit über drei Kantoren.

Die gegenwärtige musikalische Gestaltung der Gottesdienste umfasst A-capella-Literatur, orgelbegleitete Chormusik sowie bis zu 10 kleiner und groß besetzte Orchestermessen. Die Leitung und die Orgelmusik in den Gottesdiensten obliegen dem Stiftskapellmeister.